En 1988, sort son deuxième roman Les derniers jours de Charles Baudelaire qui rate le Goncourt d’une voix (celle d’André Stil, Prix Staline de Littérature 1952, déclarant, urbi et orbi, qu’il fera payer à l’auteur son anticommunisme) mais obtient, néanmoins, le Prix Interallié. Ce livre retrace la longue agonie de Baudelaire, à Bruxelles, notamment à l’Hôtel du Grand Miroir, puis en France auprès de Madame Aupick, sa mère.

En février de l’année suivante, l’ayatollah Khomeini lance sa fatwa contre l’écrivain britannique d’origine indienne Salman Rushdie. Bernard-Henri Lévy est l’un des tout premiers intellectuels à prendre position en faveur du romancier persécuté. Le combat pour et avec Salman Rushdie sera une constante, pour lui, dans les quinze années suivantes. En octobre 1992, en Finlande aura lieu sous son égide, la première apparition publique de Salman Rushdie.

Au lendemain de la chute du Mur de Berlin, Bernard-Henri Lévy se voit confier par Thierry de Beaucé, Secrétaire d’Etat chargé des relations culturelles internationales, une mission d’information dans les pays d’Europe centrale et orientale : à Budapest, Berlin, Sofia, Varsovie, Bucarest, il explore les possibilités de renforcer la présence française ainsi que la faisabilité d’une Académie Européenne des Cultures dont il trouve le modèle dans un projet de Franz Werfel en 1937.

En 1990, Bernard-Henri Lévy, avec notamment Gilles Hertzog, Jean-Paul Enthoven, Guy Scarpetta et Gabi Gleichmann, fonde la revue La Règle du Jeu : titre qui se veut un double salut, explicite, à Michel Leiris et à Jean Renoir. Le comité éditorial réunit des écrivains aussi éminents que Czelaw Milosz, Carlos Fuentes, Amos Oz, Mario Vargas Llosa, Susan Sontag, Salman Rushdie. Il y fait paraître, sous le titre « Dans les fourgons de la liberté » le texte de son Rapport à Thierry de Beaucé et François Mitterrand.

Au printemps paraît Questions de Principe III, sous-titré La suite dans les idées, nouvelle collection de textes allant du reportage politique à des réflexions sur l’art du roman ou à une analyse des toiles du peintre Frank Stella. L’adminration de Lévy pour Stella donne lieu à un livre : Stella, les années 80. « Cette alliance de grâce et de sang-froid », Lévy dit ne l’avoir « trouvée en littérature » que « chez Baudelaire ».

En 1991, paraissent chez Grasset Les Aventures de la Liberté, version littéraire d’une série de quatre films, réalisés par Alain Ferrari et produits par Simone Harari. Cette « histoire subjective des Intellectuels » (c’est le sous-titre du livre) va de l’Affaire Dreyfus à la mort de Jean-Paul Sartre. Dans cette fresque du XXe siècle, apparaissent Althusser, Barthes, Camus, Malraux, Foucault, Sartre, Drieu la Rochelle et bien d’autres.

L’ouvrage Les Bronzes de César paraît aux Editions de la Différence.

Bernard-Henri Lévy est nommé la même année par Jack Lang, pour deux ans, Président de la Commission d’Avances sur Recettes au cinéma. Cette nouvelle fonction n’empêche pas Lévy de tourner à nouveau son regard vers les peintres en consacrant en 1992 un livre au maître de la Renaissance italienne, Piero della Francesca, et un autre à Mondrian (Editions de la Différence).

En mai 1992, Bernard-Henri Lévy est le premier, avec Gilles Hertzog, Jean-François Deniau et le jeune maire de Lourdes, Philippe Douste-Blazy, à pénétrer dans Sarajevo, la capitale bosniaque assiégée. À son retour, il transmet à François Mitterrand le message de détresse et d’appel au secours que lui a confié, sous les bombes, le Président de la Bosnie-Herzégovine, Alija Izetbegovic. C’est ce message et l’insistance de Lévy qui convaincront le Président français d’accomplir son voyage « historique » à Sarajevo. Avec Alain Ferrari, et sur des images de Thierry Ravalet, Lévy est l’auteur d’un premier documentaire, Un jour dans la mort de Sarajevo, diffusé sur France 3, le 20 décembre 1992 : en 63 minutes, il montre le martyre de cette ville œcuménique et la souffrance des habitants qui résistent héroïquement à des bombardements incessants.